Algumas escolas ensinam que o Reiki entra nos seus praticantes através do sétimo chakra (a Coroa), preenche o sistema energético sutil do praticante e, após ser transubstanciada no chakra Cardíaco, flui através das suas mãos para o corpo de quem recebe.

     Outras escolas ensinam que a energia entra através do primeiro chakra (raiz), preenche a aura, torna-se centrada no quarto chakra (coração) e flui através das mãos do praticante.

     O Sistema de Reiki tradicional (Dr. Usui) ensina que a energia Reiki é uma energia inteligente, que "sabe o que fazer" - ou seja, a energia sente a necessidade do paciente, muda de cor e até de intensidade e segue para o local necessário. Também afirmam que, por outro lado, o ser humano possui o livre arbítrio e, caso o paciente não esteja aberto ao tratamento (predisposto a enfrentar as causas de suas emoções, vivências, pensamentos, sentimentos e ações), a energia não fluirá: não terá efeito duradouro no organismo, podendo até mesmo ser bloqueada. Nesse caso o desequilíbrio energético persistirá, assim como a raiz do problema íntimo.

     Isso se daria porque, segundo a visão holística, as doenças são criadas antes nos corpos sutis: se manifestam nas várias camadas de energia para terminar na última manifestação, a física, que é o corpo humano (denso). O Reiki atua nessas camadas, possibilitando desbloqueios e remoção de miasmas.

     O tratamento é tradicionalmente efetuado ao impor-se as mãos. O reikiano solicita ao paciente para deitar. Em seguida há a imposição das mãos do reikiano sobre o paciente. O reikiano atua como um canal para a energia Reiki, a energia flui da palma de suas mãos (chakra das mãos) para o corpo sutil e físico do paciente. Normalmente, o reikiano aplica as posições do Reiki num esquema semelhante às posições dos meridianos e chakras da Acupuntura.

     Alguns praticantes tocam no corpo, outros mantêm as mãos próximas (10 a 20 cm) do local a ser tratado. A energia Reiki, segundo seus praticantes, não possui barreira física, podendo transpassar a barreira do tempo (ser enviada ao passado, ao futuro ou no presente à distância (técnicas ensinadas aos reikianos de maior graduação) e as barreiras físicas (pode promover limpezas do ambiente). É usada com muita eficácia em animais de estimação, posto que as barreiras mentais à cura são menores que na maioria dos seres humanos.

     Alguns pacientes relatam sentir várias sensações subjetivas e objetivas: calor, frio, pressão, sonolência, vibrações etc. Os praticantes de Reiki atribuem estas sensações à energia Reiki chegando ao corpo e à aura de quem a recebe. Segundo eles é normal, no início do tratamento, o paciente sentir a reação de limpeza como um agravamento do seu estado negativo, o qual cessa logo que o bloqueio seja totalmente retirado. Ainda de acordo com os praticantes, durante esse período - variável para cada indivíduo - é comum reviver sentimentos guardados como rancor, raiva, sonhos, medo ou outros, até o afastamentos de amigos, namorados(as) ou pessoas perniciosas que prejudicavam a vida do paciente. Durante tal fase, chamada desintoxicação energética, há grande índice de desistência em pacientes despreparados para liberar-se completamente dos problemas energéticos. Depois de passada a fase e já livre dos bloqueios (dentro de suas permissões), o paciente experimenta o Reiki como uma energia sublime.

     O Reiki repara necessidades energéticas: desbloqueia nós dos canais energéticos, traz mais energia onde o fluxo era menor ou redistribui energia presa em algum local para o restante do corpo através do desbloqueio.

     A percepção mais comum para a maioria dos indivíduos que recebem o Reiki é a sensação de relaxamento ou sono. Entretanto, alguns pacientes dizem nada sentir, outros contam sentir muito pouca ou nenhuma alteração.